本章节主要讲述16日的本震及其震害。
第二次的震度７（4月16日1时25分）
在4月14日的激震28小时后，熊本县于4月16日凌晨1时25分（即北京时间0时25分）再一次受到激震侵袭。本次的地震震央在首次地震的西北偏西方4.5公里处，日本气象厅在检测到地震后3.9秒即九州七个县发出紧急地震速度警报，再在4.7秒（即检测地震8.6秒）后对山口、高知、爱媛、广岛和岛根发出警报。
在速报阶段，气象厅对外发表地震震级为Mj（日本气象厅震级）7.1，震源深度为10公里，最大震度于熊本县熊本地方录得６强；在约二个小时后将本震震级上调至Mj 7.3，震源深度12公里；另外，根据美国地质勘探局的数据，这次地震的矩震级为Mw 7.0，最大烈度为Ⅸ度。
单比较日本气象厅震级，本次熊本地震的强度与1995坂神大地震相同；若比较矩震级，本次地震强度则比较强。
震度圖
后来，于4月20日根据现场调查所得，熊本县益城町和西原村分别录得计测震度6.7和6.6，皆达到震度７。这是日本观测史上第五次录得震度７、但是在同一地区内连续遭受两次震度７的激震则是首例，其中于益城町的震度计录得计测震度6.7，到截稿前仍然是目前观测史上最大的一次。另外，防灾科学技术研究所于益城设置的震度计录得最大加速度（三方向合成值）1362 gal，其站点的计测震度则为6.5，亦达到震度７。
本次地震有感范围比起4月14日以及4月15日的两场地震都要大，九州地区整体录得震度５弱至５强程度、大分县录得震度６弱（后述）、四国地区整体录得震度４至５弱、本州较接近九州地区的县震度４，远至大坂府亦录得震度３。
前述大分县录得震度６弱的原因，可能有部份是源自本震30秒后发生的大分县中部地震，推定震级为M5.7，震源深度12公里。
除此之外，熊本县熊本地方在本系列的地震中录得长周期地震动阶级４，是设立这个阶级以来首次；但回顾以前的强震，2004年的新潟中越地震和2011年的东北地方太平洋冲地震都曾达到相当于阶级４的长周期地震动。
建筑损失
根据日本消防厅提供的数据，截至2018年4月13日，全坏的住宅达8673栋、半坏34726栋、部份损毁达16万2479栋、床上浸水114栋、床下浸水が156栋。另外，公共建物有439栋受损。
受损的住屋主要集中在1981年以前建造的木造住屋，九州因为对抗颱风有不少住宅使用厚重瓦片，对激震的抗性则很弱。另一方面，观测到两次震度７的益城町亦有2000年以后才建造，耐震基准被强化的住宅因地震而全坏的例子，其耐震基准虽然要求在震度６强至７的激震中不会倒壊，但却没有预想会在短时间内遭受多于一次的激震。
文化财产或史迹方面亦在地震中受损，其中熊本县的旅游热点、国家特别史迹的「熊本城」因4月14日的前震而造成石垣倒坏，而在16日的本震中东十八间橹・北十八间橹更随着石垣一同倒坏，压毁旁边熊本大神宫的社务所；拥有超过2300年历史的「阿苏神社」，楼门及拜殿亦在地震中倒坏；1871年筑成的「熊本洋学校教师馆Janes邸」于14日的前震有部份牆壁倒坏，但在16日的本震中完全倒坏；大分县的史迹「永山城迹」的石垣亦因烈震倒塌。
人命损失
本次地震造成的直接死亡约为50人左右，其中有37人被倒坏的家具或建筑残骸压死，另外10人是土砂灾害而死。从分佈上看，死者多是集中在益城町、布田川・日奈久断层帯以及周边的河川，熊本大学的涉谷秀敏教授认为这是因为震波于盆地地形被放大增幅，较易造成各种的二次灾害，如：建筑倒坏、山崩等。
除了直接死亡的案例之外，还有210人以上被分类为震灾关连死亡。震灾关连死亡包括长期在车厢之类的狭窄地方进行避难，而患上被称为「经济舱症候群」的静脉血栓塞栓症；亦有因为避难场所的环境恶劣，造成病情恶化或心理压力大增的例子。
参考资料：
- 「平成28年熊本地震的评价」, 地震调査委员会
- 「4月16日1时25分地震．紧急地震速报内容」, 日本气象厅
- 「「平成 28 年（2016 年）熊本地震」について（第 22 报）」, 日本气象厅